负责本市地表水、地下水生态环境监督管理。负责起草水生态环境方面的地方性法规草案、政府规章草案，拟订有关政策、规划、标准，并组织实施。拟订重点流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划，并监督实施。建立跨区界水体断面水质考核制度，并组织实施。监督管理饮用水水源地环境保护工作。监督防止地下水污染。负责入河排污口设置管理。负责南水北调工程中线北京段工程项目区环境保护工作。承担水污染防治协作、联防联控工作。